Małgorzata Winiarczyk-Kossakowska uzyskała w 2009 roku topień doktora habilitowanego nauk humanistycznych w zakresie nauk o polityce na Wydziale Dziennikarstwa i Nauk Politycznych Uniwersytetu Warszawskiego. Pracowała między innymi w Instytucie Nauk Politycznych na Wydziale Zarządzania i Administracji Uniwersytetu Jana Kochanowskiego w Kielcach czy w Akademii Obrony Narodowej.
Startowała w wyborach w 1993 roku z list SLD. Wówczas zdobyła mandat poselski w okręgu elbląskim. W 1997 roku była wiceministrą spraw wewnętrznych i administracji, a w latach 1998-2001 zasiadała w sejmiku pomorskim. Współpracowała także z byłym prezydentem Aleksandrem Kwaśniewskim jako jego doradczyni.
Sukces powtórzyła w 2001 roku w okręgu kieleckim. W Sejmie IV kadencji została wiceprzewodniczącą Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych, a w okresie od maja do lipca 2004 była europosłanką. W tym samym roku przeszła z SLD do Socjaldemokracji Polskiej, a w 2005 i 2007 roku startowałą w wyborach z list tej partii, jednak bez powodzenia. W 2010 roku była jedną z osób w zespole doradców kandydata w wyborach prezydenckich Grzegorza napieralskiego.
Małgorzata Winiarczyk-Kossakowska zmarła w wieku 63 lat po walce z ciężką chorobą. Pogrzeb byłej posłanki odbędzie się 28 sierpnia. O 13:00 odbędzie się msza żałobna w kościele powołania św. Grzegorza Wielkiego, a następnie na miejscowym cmentarzu zmarła zostanie złożona do rodzinnego grobu.
- Zmarła prof. dr hab. Małgorzata Winiarczyk-Kossakowska, wiceminister, posłanka, silna kobieta Lewicy! Zrobiła wiele dla lepszej Polski. Cześć Twojej pamięci, Małgorzato! - napisała Paulina Piechna-Więckiewicz.
- Bardzo przykra wiadomość. Po ciężkiej chorobie zmarła prof. Małgorzata Winiarczyk-Kossakowska. Jedna z najlepszych w Polsce specjalistek od relacji państwo-Kościół. Posłanka, była wiceministra spraw wewnętrznych i Administracji. Wspaniały, dobry Człowiek. Synowi, bratu najgłębsze wyrazy współczucia - napisała z koeli Katarzyna Piekarska.