Po 17 września 1939 r. Gebert, ps. „Ataman” wzmógł swoją antypolską działalność. W amerykańskiej prasie i na wiecach agitował za poparciem dla Sowietów, wychwalając – oczywiście w zakamuflowany sposób – wspólną z Niemcami aneksję Polski. Tak było np. 19 września, dwa dni po inwazji Amii Czerwonej na Kresy Wschodnie II RP, w Detroit. Polonijny „Dziennik Zjednoczenie” alarmował: „W pisaniu głupstw prześcignął wszystkich niejaki B. K. Gebert, członek Krajowego Komitetu Komunistycznej Partii Stanów Zjednoczonych, który w języku polskim opowiadał o raju, w jakim dziś żyje lud rosyjski”.
Dzięki szerokim kontaktom przeniknął również do szeregu organizacji polonijnych i robotniczych: Kongresu Słowiańskiego, czy Kongresu Związków Zawodowych. Do wielu nie musiał przenikać, gdyż zostały stworzone jako elementy sowieckiej siatki agenturalnej w USA – jak np. Liga Kościuszkowska czy Stowarzyszenie „Polonia”. Siatką kierował sekretarz ambasady sowieckiej w Waszyngtonie, generał-major Wasilij Maksim Zarubin (w Ameryce występował jako Zubilin) – ten sam, który „rozładowywał" potem obóz w Kozielsku, próbując także zwerbować polskich jeńców.
Już w 1919 r. Gebert współzakładał w USA sowiecką agenturę – wspomnianą Komunistyczną Partię Stanów Zjednoczonych. Świetnie zakamuflowany agent Stalina wszedł również do jej władz w Chicago i Pittsburgu. „Byliśmy jedyną grupą wśród Polonii, która zwalczała wspieraną przez imperialistów rosyjską kontrrewolucję"– pisał w 1920 r., kiedy bolszewicy najechali na nasz odradzający się kraj.
W czasie II wojny światowej agitował na rzecz przyjaźni z ZSRS, jedności wielkiej trójki i wszystkich prosowieckich struktur – ZPP, PKWN itp. Jednocześnie atakował „reakcyjne, sanacyjne, antysemickie" władze polski podziemnej (skąd my to znamy?). Jego teksty publikowały nie tylko moskiewskie „Prawda" i „Izwiestia", ale także nowojorski „Daily Worker". Do siatki Zarubina-Geberta zwerbowano m.in. Aleksandra Hertza (socjologa), Oskara Langego (ekonomistę, ps. Friend), ale też Juliana Tuwima (poetę). Gdyby nie sowiecka agentura w USA, Polska mogłaby po wojnie uwolnić się od zależności Stalina…