Został zamordowany, bo mówił prawdę zwykłym ludziom, bo był z nimi blisko, pokrzepiał ich w chwilach zwątpienia i wpajał prawdę z Nowego Testamentu: Nie daj się zwyciężyć złu, ale zło dobrem zwyciężaj.
Ks. Jerzy nie był obojętny na zło, które komunistyczny system niósł ze sobą. Mówił o nim z ambony zawsze wypełnionego po brzegi kościoła św. Stanisława Kostki w Warszawie. Jego kazania zostały nazwane przez Jerzego Urbana, ówczesnego rzecznika rządu, "seansami nienawiści". Ubecy podrzucili księdzu do mieszkania naboje i ładunki wybuchowe, a prokuratura preparowała zarzuty. Ksiądz Jerzy nie dał się zastraszyć. Komuniści postanowili więc go zamordować. Wytypowano morderców, pracowników tajnej milicji. Przed zabiciem ks. Popiełuszkę torturowali długo i wymyślnie. Wyłącznie dla własnej przyjemności, bo los kapłana był już przecież przesądzony. Ciało księdza nigdy miało nie wypłynąć z Wisły. Wypłynęło, a świat poznał część prawdy o systemie rzekomej sprawiedliwości społecznej, stworzonym rzekomo dla zwykłych ludzi. Czy jest w twoim życiu coś takiego, za co oddał byś życie?