Zatrzymanie Modrzejewskiego, przeprowadzone na wniosek prokuratury pod nadzorem Ryszarda Bieszyńskiego z UOP, od początku budziło wątpliwości. Krytykowano zarówno teatralny charakter akcji, jak i jej timing – tuż przed posiedzeniem rady nadzorczej Orlenu. Choć zwolniono go na krótko przed posiedzeniem, rada odwołała go ze stanowiska. W 2004 roku Wiesław Kaczmarek, były Minister Skarbu, ujawnił, że celem zatrzymania było zablokowanie lukratywnego kontraktu na dostawy ropy, a decyzja miała zapaść podczas nieformalnego spotkania u premiera Millera.
Zobacz: Senator KO zaatakował Krzysztofa Stanowskiego. Ależ ten mu się odwinął!
Po publikacji wywiadu Wiesława Kaczmarka, sprawą zajęła się prokuratura w Katowicach, a także sejmowa komisja ds. służb specjalnych. Komisja ta ustaliła, że UOP wywierał presję na prokuraturę, czemu zaprzeczyła ABW. W kwietniu 2004 roku komisja ds. służb specjalnych zasugerowała powołanie specjalnej komisji śledczej, co Sejm uczynił 28 maja 2004 roku. Komisja ds. Orlenu rozpoczęła pracę 6 lipca 2004 roku. W jej składzie znalazł się m.in. Zbigniew Wasserman, Antoni Macierewicz, a także... Roman Giertych.
Sprawdź: Posłanka PiS chciała uderzyć w WOŚP. Wyszło to dla niej naprawdę fatalnie
Ostatecznie w czerwcu 2006 roku sąd oczyścił Modrzejewskiego z zarzutu ujawnienia poufnych informacji, a w grudniu tego samego roku – z zarzutu niegospodarności. W 2012 roku Ryszard Bieszyński, dyrektor zarządu śledczego UOP, został prawomocnie skazany w tej sprawie. Rok później skazano również Zbigniewa Siemiątkowskiego. Sędzia w uzasadnieniu wyroku podkreśliła, że prokuratura była uległa wobec UOP, a działania UOP i kancelarii premiera Millera były skoordynowane i pozaprawne.
Sam Modzelewski w wywiadzie dla „Gazety Wyborczej” opowiadał o swoim zatrzymaniu i próbie usunięcia go z władz koncernu. Jak przekonywał wówczas, nie ma czegoś takiego jak „afera Orlenu”. - Orlen jest tak odpowiedzialny za aferę Orlenu jak hotel Watergate - za aferę Watergate. To jest afera służb specjalnych i polityków – mówił. Były prezes Orlenu twierdził, ze Jan Kulczyk wyraźnie sugerował mu, że ani Leszek Miller, ani Aleksander Kwaśniewski nie życzą sobie jego obecności w PKN Orlen. Modrzejewski dodał również, ze Wiesław Kaczmarek informował go tuż przed wyborami, ze nowy rząd Leszka Millera będzie chciał go usunąć z zajmowanego stanowiska.
Galeria poniżej: Rocznica wypadku Leszka Millera i katastrofy śmigłowca