Jan Szyszko zmarł 9 października 2019 roku. Podczas jego pogrzebu (TU PRZECZYTASZ RELACJĘ Z UROCZYSTOŚCI) specjalną mowę od serca wygłosił ojciec Tadeusz Rydzyk. - Kochany panie profesorze, ministrze, jest nas wielu, królewskie pożegnanie, jest ukochana małżonka, dzieci, wnuki, przyjaciele, jest tylu biskupów, jest prezydent RP, premier, marszałkowie, parlamentarzyści, bardzo ważni ludzie - mówił dyrektor Radia Maryja, który przyjaźnił się z Szyszką. - Myśmy spotkali się ostatnio w sobotę i niedzielę, parę dni przed twoim odejściem, i nawet w czasie posiłku pytałem: Ile pan dziś spał? - wspominał Rydzyk podczas ostatniego pożegnania Jana Szyszki. Najprawdopodobniej przyczyną śmierci przyjaciela Rydzyka był zator płuc. Nie każdy jednak wierzy w to, że były minister środowiska zmarł śmiercią naturalną. - Mamy duże wątpliwości – rodzina, najbliżsi współpracownicy - powiedziała w TV Republika żona Jana Szyszki. - Powiem szczerze, że nie bardzo wierzymy, że ktokolwiek by to wyjaśnił. Nie chcieliśmy męczyć męża po śmierci sekcją zwłok itd. - dodała Krystyna Szyszko.
Małżonka polityka PiS opowiedziała też tajemniczą historię, która miała wydarzyć się w Tucznie, gdzie Jan Szyszko miał działkę. - W Tucznie doszło do zniszczenia drzewostanu . Tak, jak rozmawiałam ze znajomym prawnikiem, to powiedział, że to miało wszelkie cechy zamachu, ponieważ 30-parę drzew zostały podcięte na pewnej wysokości. One nie zostały zniszczone, tylko podcięte. Za dwa dni miał tam się odbyć zjazd ministrów środowiska UE. Opatrzność Boska czuwała, że tego wieczora były jakieś podmuchy wiatru, a ponieważ tam mieszkają leśnicy i oni wiedzą, jak to wszystko wygląda – ktoś zauważył, że dwa-trzy drzewa dziwnie zgięły się na tej samej wysokości - powiedziała Krystyna Szyszko.