Po wprowadzeniu stanu wojennego przyszły socjolog zaangażował się w działalność opozycyjną w ramach Solidarności. Kolportował ulotki, publikował w prasie podziemnej. Pech chciał, że wpadł w ręce SB, a w 1982 r. trafił do aresztu. Finalnie zwolniono go jednak ze względu na zły stan zdrowia. Ale nie było w tym ani odrobiny przypadku!
– Andrzej miał łagodną postać zmian na skórze. Lekarze sympatyzujący z Solidarnością zgodzili się na mistyfikację. Służbom udało się wmówić, że Zybertowicz cierpi na raka – usłyszeliśmy od znajomego profesora. – Kilka tygodni przesiedział w areszcie, a potem zabrali go do szpitala. Dzięki medykom udało się go przetrzymać aż do amnestii – wspomina informator „Super Expressu”.