Kiszczak odszedł z polityki w 1990 roku. Wciąż jednak był obecny w życiu społecznym m.in. poprzez procesy, które przeciwko niemu toczyły się aż do jego śmierci.
Choć w pierwszym procesie w 1996 roku został uniewinniony z zarzutu napisania szyfrogramu, który pozwolił milicji użyć broni wobec strajkujących, to decyzja ta została zaskarżona. W drugim procesie (2004) Kiszczak został wyrokiem sądu uznany za winnego przyczynienia się do śmierci górników. Sąd skazał generała na 4 lata więzienia (w wyniku amnestii złagodzono karę do 2 lat i zawieszono jej wykonanie). Sąd apelacyjny nakazał powtórzyć proces, który zaczął się w 2006 roku, i choć wyrok miał zapaść już w 2007 roku, to Kiszczak skarżył się na problemy zdrowotne i przestał pojawiać się na rozprawach.
W styczniu 2012 Sąd Okręgowy w Warszawie uznał jego winę z tytułu członkostwa w związku przestępczym o charakterze zbrojnym (art. 258 § 2 Kodeksu karnego), wymierzając mu karę 4 lat pozbawienia wolności, łagodząc ją jednak na podstawie amnestii z 1989 o połowę, tj. do 2 lat oraz warunkowo zawieszając z uwagi na wiek i stan zdrowia oskarżonego na okres 5 lat. W czerwcu proces został zawieszony przez Sąd Apelacyjny z powodu stanu zdrowia oskarżonego. W 2014 roku sąd ten uznał jednak, że Kiszczak może uczestniczyć w rozprawach, przez co w 2015 wyrok stał się prawomocny.
Ponadto Czesław Kiszczak wraz z Wojciechem Jaruzelskim mieli w 1989 wydać polecenie zniszczenia stenogramów posiedzeń KC PZPR. Na początku lat 90-tych XX wieku toczyło się w tej sprawie postępowanie, później, ze względów formalnych, umorzone. Podejrzewany jest również o zainicjowanie akcji ,,Hiacynt", która ruszyła w 1985 roku i miała na celu prześladowanie homoseksualistów.
Zobacz także: Pogrzeb śp. Moniki Zbrojewskiej w sobotę